Dans sa décision du 16 juillet, le Conseil d’Etat apprécie d’abord la légalité externe du décret. Sur ce point, il constate entre autres que le texte a été pris conformément à la procédure de participation du public prévue au III de l'article L. 512-7 du code de l'environnement. Il considère également que la Convention d’Aarhus ne peut être invoquée, dans la mesure où elle n’est pas d’effet direct, et ne crée donc de droits qu’au profit des Etats qui l’ont conclu.
Concernant la légalité interne du décret, le Conseil d’Etat juge que ses dispositions n'imposent pas d’obligations excessives au regard de ce qu'impliquent les objectifs de sécurité publique, de protection de l'environnement et de prévention des pollutions qu'elles poursuivent, de telle sorte qu’aucune atteinte à la liberté du commerce et de l’industrie, ni à la liberté d’entreprendre, ne peut être retenue. Il ajoute que « la circonstance que les prescriptions générales édictées par cet arrêté seraient, pour certaines installations soumises à autorisation avant l'entrée en vigueur du nouveau régime, plus contraignantes que les prescriptions auxquelles les soumettaient auparavant leur autorisation, n'est pas davantage constitutive d'une rupture d'égalité entre les installations soumises au nouveau régime ; que, par suite, le moyen tiré de la violation du principe d'égalité doit être écarté ».
La haute juridiction administrative a donc rejeté la demande en annulation du CNPA, tout comme il avait rejeté une précédente demande en annulation contre le décret du 2 mai 2012 relatif à l'agrément des exploitants des centres VTHU, dans une précédente décision du 29 janvier 2014.
